Фамилия Сысоэв — редкий случай, когда написание расходится с произношением и с тем, что ожидает увидеть читатель. На слух она почти неотличима от гораздо более распространённой фамилии Сысоев, но в письменном виде сохраняет архаичную форму. Это не ошибка и не опечатка, а след старого книжного произношения или диалектной особенности.

В основе обеих фамилий лежит крестильное имя Сысой. Это народная, обиходная форма канонического имени Сисиний (греч. Sisinnios). Имя пришло на Русь вместе с христианством, но в быту быстро обросло местными вариантами. Сысой — один из них, и в XVI–XVII веках оно было довольно распространено среди крестьян и посадских людей. От него и пошли фамилии: Сысоев — через стандартный суффикс принадлежности -ев (чей? — сыновья Сысоя), и Сысоэв — где суффикс -эв.

Вариант с буквой «э» — штучный. В русской ономастике суффикс -эв не характерен для образования фамилий от имён на -ой. Обычно мы видим Сысоев, Толстопятов, Гладков. Появление Сысоэв, скорее всего, связано с севернорусским или старообрядческим произношением, где «о» в безударной позиции редуцировалось иначе, или с попыткой грамотного писца передать на письме твёрдый звук после «с». В некоторых говорах имя звучало почти как «Сысой» с очень твёрдым «й», и суффикс писали через «э», чтобы подчеркнуть это произношение.

Фамилия Сысоэв — очень редкая. Она встречается точечно, в основном на Русском Севере и в Поволжье, где сильны были старые письменные традиции. В метрических книгах XIX века можно найти обе формы у одной семьи — писарь мог записать «Сысоев», а через страницу «Сысоэв», путая написание. Это говорит о том, что фамилия ещё не до конца устоялась в орфографии.

Таким образом, Сысоэв — не самостоятельная фамилия с особым смыслом, а орфографический дубль фамилии Сысоев. Она ценна для историков языка как свидетельство живой народной фонетики, застывшей в документе. Если вы носитель этой фамилии, скорее всего, ваши предки были крестьянами или ремесленниками из северных или заволжских губерний, а имя Сысой в роду передавалось как минимум с XVII века.