Фамилия Сысойков — редкий случай, когда основа очевидна, а суффикс заставляет задуматься. В основе лежит каноническое имя Сысой — народная форма церковного имени Сисой (от древнееврейского «шестой»). Но если бы фамилия образовалась по самой распространённой модели, мы бы имели Сысоев. Вместо этого перед нами Сысойков, и ключ к разгадке — суффикс «-к-».

В русской антропонимии суффикс «-к-» в фамилиях часто указывает на уменьшительную или обиходную форму имени. Сысойко — это не официальное полное имя, а скорее домашнее, ласкательное или пренебрежительное прозвище человека по имени Сысой. Фамилия Сысойков, таким образом, буквально значит «сын Сысойка». Такая модель типична для украинского и южнорусского влияния: фамилии на «-ко» (Сысойко, Ивашко, Петрушко) были распространены на левобережье Днепра, в Слобожанщине и на юге России. При переходе в великорусскую систему «-ко» превращалось в «-ков», чтобы фамилия склонялась по привычному образцу.

Есть и более прозаичная версия, которую не стоит отбрасывать. В некоторых говорах «сысой» или «сысойка» могло быть прозвищем, данным по поведению: сиплый, хриплый голос (от глагола «сысеть» — сипеть, шипеть). В этом случае фамилия могла закрепиться за предком, имевшим характерную манеру речи или болезни горла. Однако связь с именем Сысой выглядит убедительнее хотя бы потому, что имя было частотным в среде крестьян и духовенства до середины XIX века.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к регионам, где имя Сысой было особенно популярно, — это Вологодская, Костромская, Архангельская губернии, а также территории, заселённые выходцами из этих мест. Встречаемость Сысойковых невысока, что делает фамилию локальной, не размытой массовой миграцией. В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с таким окончанием почти не встречаются.

Таким образом, Сысойков — фамилия, которая сохранила память о конкретном человеке, которого в быту звали не полным именем, а по-домашнему, Сысойком. Или же, если верить диалектной версии, — о человеке с хрипотцой в голосе, чья особенность стала родовой меткой.