Фамилия Сюсюра почти наверняка произошла от прозвища, а не от крестильного имени. В основе лежит глагол «сюсюкать», то есть шепелявить, не выговаривать шипящие. Так могли прозвать человека с дефектом речи или с ярко выраженным местным говором. Особенно это характерно для Псковской области: в тамошних говорах смешивают «ч» и «ц», «ш» и «с», «ж» и «з», а «щ» порой звучит как «шц». Переехав в другую местность, такой человек сразу выделялся на фоне окружающих и получал меткое прозвище Сюсюра, которое затем закрепилось за его потомками.

Есть и другая, менее вероятная версия. Она возводит прозвище к глаголу «сюсить». В этимологическом словаре Фасмера это слово имеет значение «мочиться». Если принять эту гипотезу, то Сюсюрой могли в шутку называть младенца — примерно так же, как сейчас говорят «писающий» или используют уменьшительные формы вроде «Сюся». Однако эта версия выглядит надуманной: прозвище по такой физиологической особенности вряд ли бы закрепилось за взрослым человеком и тем более перешло в фамилию. Куда логичнее, что основой послужила именно особенность речи, которая была заметна окружающим каждый день.

Суффикс «-а» в прозвище Сюсюра — типичный для русской ономастики способ образования личных прозвищ от глаголов (сравните: Мямля, Шептун, Ворчун). Сама фамилия застыла в форме именительного падежа без патронимического суффикса (-ов, -ин), что для русских фамилий редкость. Такая форма чаще встречается на Украине или в Белоруссии, хотя сама основа — чисто русская, диалектная. Возможно, это говорит о том, что фамилия оформилась на стыке культур или носитель долго жил в среде, где фамилии ещё не были окончательно закреплены.

Стоит отметить, что фамилия Сюсюра — редкая. Она не попала в массовые справочники русских фамилий вроде словаря Унбегауна, что неудивительно: такие «говорящие» прозвища часто оставались в пределах одной деревни или волости. Зато это делает фамилию ценной для генеалогии: если вы носите её, поиск предков стоит начинать с псковских и северо-западных земель, где шепелявые говоры были особенно распространены.