Фамилия Тахтоходжаева — яркий пример того, как в русском языке закрепилась восточная именная формула. Её основа восходит к двум арабским и персидским компонентам, которые пришли в тюркские языки, прежде всего в узбекский. Первая часть — «тахт» (от персидского «та́хт» — трон, престол, а также возвышение). Вторая — «ходжа» (почётный титул, восходящий к арабскому «хваджа» — господин, хозяин, а в исламской традиции — потомок пророка или просто уважаемый человек). Таким образом, сложное имя Тахтоходжа буквально означало «трон ходжи» или «престол господина» — то есть высокий, почётный статус его носителя.

Фамилия образована от мужского личного имени Тахтоходжа. В тюркской среде, особенно в Средней Азии, такие составные имена были распространены среди духовенства, купечества или знати — они подчёркивали религиозный авторитет и социальное положение. В русской традиции фамилию оформили по стандартной модели: к основе имени добавили русский суффикс принадлежности -ев (так как основа оканчивается на гласную, а не на согласную, как в случае с -ов), а затем — окончание -а, указывающее на женскую линию. То есть Тахтоходжаев — «сын или потомок Тахтоходжи», а Тахтоходжаева — «дочь или жена Тахтоходжи».

Уникальная черта этой фамилии — её редкость даже в регионах традиционного бытования. Она почти не встречается за пределами Узбекистана и, возможно, Таджикистана, где сохранились очаги старых родословных. В отличие от массовых фамилий вроде Ахмедов или Каримов, Тахтоходжаева — маркер конкретного, узкого рода, который, скорее всего, ведёт начало от влиятельной семьи, имевшей отношение к исламскому образованию или суфизму. Суффикс -ев здесь не просто грамматический элемент, а свидетельство того, что фамилия «русифицировалась» относительно поздно — в XIX–XX веках, при переписях и паспортизации в Российской империи и затем в СССР.

С точки зрения словообразования, это редчайший случай, когда в русской фамилии сохранилась иноязычная основа с двумя разными корнями, не переосмысленная в быту. Никакой «народной этимологии» здесь нет: носители фамилии обычно знают её значение, и оно не требует перевода на славянские языки. Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Тахтаров (от «тахт» — трон) или Ходжаев (от «ходжа»), но их слияние в одной фамилии — большая редкость.