Фамилия Тохтаходжаева — яркий пример того, как русская письменность зафиксировала сложную восточную антропонимическую модель. Перед нами не просто фамилия, а целое предложение-прозвище, застывшее в суффиксе -ев. Основа здесь — мужское имя Тохтаходжа, которое состоит из двух тюркских корней: «тохта» (стой, остановись, держись) и «ходжа» (господин, хозяин, наставник, а также почётный титул мусульманина, совершившего хадж). Таким образом, имя Тохтаходжа означает «Держись, господин» или «Остановись, хозяин» — вероятно, так называли ребёнка, которого хотели уберечь от болезней или сглаза, как бы «закрепляя» его в этом мире.

Суффикс -ев указывает на русский способ оформления фамилии по отцу: Тохтаходжаев — сын Тохтаходжи. Прибавление окончания -а (Тохтаходжаева) — грамматический признак женского рода. Для русского уха фамилия звучит длинно и экзотично, но её модель стандартна для фамилий тюркского происхождения, записанных в Российской империи и СССР.

Географически фамилия привязана к регионам Средней Азии, особенно к Узбекистану и Таджикистану, где имя Ходжа и его производные чрезвычайно распространены. Встречается она и среди каракалпаков, и у казахов южных областей. Социальный слой носителей — это потомки духовных лиц, купцов или просто уважаемых людей, носивших титул «ходжа». В отличие от фамилий на -ов, которые массово давались крестьянам, фамилии на -ев от арабско-персидских имён чаще встречались у образованной или торговой прослойки.

Одна деталь, которая отличает эту фамилию от похожих (например, Ходжаев): двойной корень. Если Ходжаев — просто «сын господина», то Тохтаходжаев несёт в себе обережный смысл. В тюркской ономастике имя-оберег с глаголом «тохта» — распространённый приём (сравните Тохтамыш — «стой, не уходи»), и фамилия сохранила эту языческую по происхождению, но вписавшуюся в исламскую традицию формулу.

Встретить фамилию можно в метрических записях Туркестанского края конца XIX — начала XX века, а в современной России она редка и обычно принадлежит семьям, переехавшим из Узбекистана или Таджикистана. Вариантов написания практически нет: фамилия устойчива к искажению, поскольку имя Тохтаходжа хорошо известно в регионе.