Фамилия Такшаитов — редкий случай, когда основа прозрачна, а механизм образования неочевиден. Корень здесь — «такша», и это почти наверняка тюркское или монгольское личное имя или прозвище. В тюркских языках «такша» (или «такшан») может восходить к глаголу со значением «толочь», «давить», «мять» — возможно, так называли человека, занятого дроблением зерна или руды, либо обладателя тяжелой, «давящей» походки. В монгольской среде известен корень «тагша» (ровный, гладкий) или «тагши» (тишина, покой), что могло превратиться в прозвище спокойного, уравновешенного человека. Но самая надежная версия — арабское имя Такша (или Тахша) через тюркское посредничество, хотя в арабском оно встречается редко и чаще связано с понятием «достоинство» или «великолепие».

Однако главная загадка фамилии — не в корне, а в суффиксе. Формант «-ит» нетипичен для русских фамилий, образованных от тюркских основ. Обычно мы видим «-ов» (Такшаев) или «-ин» (Такшаин). Суффикс «-ит» характерен для южнославянских (болгарских, сербских) фамилий, где он выполняет ту же роль, что русское «-ов». Это значит, что носитель фамилии Такшаитов мог происходить из среды, где фамилию оформляли по южнославянской модели, но саму основу принесли тюркские народы — например, гагаузы, болгарские турки или балканские татары. Либо это поздняя «обрусевшая» форма, где суффикс «-ит» воспринимался как часть основы, и к нему приросло русское «-ов»: Такшаит + ов.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась в среде тюркоязычных народов Северного Кавказа или Поволжья, где были распространены контакты с южнославянскими переселенцами (например, среди ногайцев или кумыков). Предок Такшаитов мог быть человеком, носившим прозвище Такша (по характеру или занятию), а его потомки, попав в русскую административную систему, получили фамилию с нестандартным суффиксом, который сохранился до наших дней. Фамилия крайне редкая, и её носители, скорее всего, сосредоточены в одном-двух регионах, где и стоит искать корни — возможно, в Дагестане или Оренбургской области.