Фамилия Таможник — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив прямое указание на род занятий. В основе лежит слово «таможня» и, соответственно, «таможник» — человек, служивший на таможне или связанный со сбором пошлин. В отличие от фамилий, образованных через суффиксы принадлежности (-ов, -ин), здесь мы видим нулевую суффиксацию: прозвище Таможник просто закрепилось как фамилия. Такая модель встречается нечасто и характерна для поздних, часто украинских или белорусских фамилий, где прозвище могло не обрастать дополнительными окончаниями.

Появление фамилии напрямую связано с развитием таможенной службы в России, которая оформилась как государственный институт в XVII веке, при царе Алексее Михайловиче, с принятием Новоторгового устава 1667 года. До этого сбором пошлин ведали «мытники» — отсюда и более древняя фамилия Мытников. Таможник — более поздний вариант, возникший, когда слово «таможня» вытеснило «мыто». Предок носителя этой фамилии мог быть как рядовым служителем на заставе, так и выборным головой таможенной избы в уездном городе — должность ответственная и доходная.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи. Встречается у украинцев и белорусов, где суффикс -ник в прозвищах был особенно активен. В центральной России и на севере чаще образовывали притяжательные формы — Таможников, Таможничкин. Так что форма Таможник без окончания — маркер определённой региональной традиции именования.

Иногда высказывается версия, что фамилия могла произойти от прозвища «Таможник», данного человеку скупому или дотошному, по аналогии с характером таможенного досмотра. Но это вторичное, метафорическое значение, которое могло возникнуть уже после того, как слово стало бытовым. Первичным остаётся профессиональное занятие: ваш предок, скорее всего, действительно имел отношение к таможенному делу — либо служил, либо арендовал сбор пошлин, что было распространённой практикой в XVIII веке.