Фамилия Таможня звучит настолько прямо, что кажется, будто предок работал на границе. Но тут есть нюанс: в русской традиции фамилии, образованные от названий учреждений или должностей, обычно получали суффиксы. Сравните: от слова «дьяк» — Дьяков, от «таможня» логично ожидать Таможнев или Таможников. Бессуффиксная модель (когда фамилия совпадает с нарицательным словом) в России редка и чаще встречается на Украине или в Беларуси.

Поэтому первая и самая вероятная версия — фамилия не русская, а украинская или белорусская по происхождению. В этих языках прозвища и фамилии без суффиксов (вроде Голова, Сорока, Шуба) — обычное дело. «Таможня» могла быть прозвищем человека, который служил на таможне, или того, кто имел к ней какое-то отношение: жил рядом, часто ездил через границу, торговал с иностранцами. Прозвище закрепилось за детьми без изменений.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: искусственное происхождение. В XIX веке, когда духовные семинарии давали фамилии по церковным праздникам или богословским терминам, иногда использовали и бытовые слова. Однако «Таможня» для семинарской среды звучит слишком приземлённо. Скорее всего, это «мирская» фамилия, возникшая в крестьянской или казачьей среде.

Географически фамилия встречается в основном на западе России, а также в Беларуси и на Украине — в регионах, где исторически были таможенные пункты и активная торговля. В центральной России она редка.

Если ваш предок носил фамилию Таможня, он почти наверняка был не дворянином, а человеком из податного сословия — крестьянином или мещанином. Дворянские фамилии в России редко образовывались от простых названий учреждений, тем более без суффикса.

Стоит различать: фамилия Таможня и фамилия Таможников (или Таможнев). Вторая — однозначно русская, образованная стандартным способом (от слова «таможня» + суффикс принадлежности -ов). Первая — более архаичная и региональная. Если вы встретили оба варианта в одном роду, это может говорить о том, что при переезде в другую губернию или при записи в ревизские сказки форму фамилии «подогнали» под общерусский стандарт.