Фамилия Танкушина — женская форма, а её мужской вариант Танкушин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «сын Танкуши»). Вопрос в том, что стоит в основе — слово «танкуш» или «танкуша».

Вероятнее всего, корень здесь тюркский. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть основа «тан» — «заря», «рассвет», а также «удивление», «изумление» (ср. тат. «тан калу» — удивляться). Суффикс -куш (-гыш, -кыш) в тюркских языках образует названия орудий или действующих лиц. «Танкуш» могло означать «тот, кто встречает зарю», «ранний птах», либо — по второй версии — «тот, кто вызывает удивление», «диковинный человек». Такие прозвища давали людям с необычным поведением или привычкой рано вставать.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским словом «танок» (небольшой танцевальный круг, гулянье) или «танцевать» — тогда «Танкуша» могло быть шутливым прозвищем плясуна. Однако тюркская версия убедительнее: фамилия бытует в Поволжье и на Урале, где русские давно соседствовали с тюркскими народами, и такие заимствования в прозвищах — обычное дело.

Фамилия редкая. Встречается в Чувашии, Татарстане, Оренбургской области. Носители фамилии — в основном потомки крестьян или мещан, получивших фамилию в XIX веке при переписях. Ударение, скорее всего, на втором слоге: Танку́шина.