Фамилия Тонкушина — женская форма фамилии Тонкушин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской традиции такие фамилии образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. То есть Тонкушин — буквально «сын Тонкуши» или «человек из рода Тонкуши». Основа здесь — прозвище Тонкуша, а оно, в свою очередь, образовано от прилагательного «тонкий» с помощью уменьшительно-пренебрежительного суффикса -уш-. Такая модель типична для северорусских и сибирских говоров: «тонкуша» могли называть очень худого, субтильного человека, либо того, кто носил тонкую одежду не по погоде.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные образования на -уша рассматриваются как характерные для прозвищ, описывающих внешность или поведение. Интересно, что в некоторых диалектах слово «тонкуша» имело ироничный оттенок: так могли дразнить не только худого, но и привередливого в еде человека («тонко ест»). В отличие от фамилий вроде Тонков или Тонких, где основа остаётся чисто прилагательной, здесь прозвище прошло через дополнительную суффиксацию, что делает слово более «домашним», бытовым.

Географически фамилия Тонкушин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это не случайно: в северных говорах суффикс -уша был особенно продуктивен при образовании прозвищ (сравните: Гуляша, Вертуша, Молчуша). Сословного барьера у фамилии не было: её мог получить и крестьянин, и мещанин, и даже священник — прозвище давали исключительно по внешнему признаку, а не по роду занятий.

Стоит отметить, что в старых переписных книгах XVII–XVIII веков форма «Тонкуша» встречается как самостоятельное нецерковное имя. Например, в актах по Устюгу Великому упоминается крестьянин Тонкуша Федоров (1623 год). Это ещё раз подтверждает, что фамилия образована от личного прозвища, а не от названия профессии или места. Таким образом, предки современных Тонкушиных — люди, которых в своём окружении выделяли за худощавость или избирательность в еде, и прозвище закрепилось за их родом.