Фамилия Тонкушины образована от личного прозвища Тонкуша. Это типичная русская фамилия, построенная по модели «прозвище + суффикс принадлежности -ин». Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что в основе лежит слово, оканчивающееся на -а или -я, то есть само прозвище звучало как Тонкуша.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает прозвище с прилагательным «тонкий». Так наверняка называли худощавого, сухощавого человека, и прозвище указывало на его внешность. Но у слова «тонкий» в старину было и другое значение — «бедный», «тощий кошельком». Поэтому не исключено, что Тонкушей дразнили не за фигуру, а за скудный достаток, и прозвище отражало социальный статус человека.

Есть и менее очевидные пути. В рязанских говорах существовал глагол «тонкать» — «напевать про себя, бренчать». Если предок происходил из этих мест, Тонкушей его могли прозвать за привычку мурлыкать мелодию себе под нос. Эта версия уводит нас от внешности в сторону поведения, но она вполне жизнеспособна, хотя и уступает первой по распространённости.

Отдельно стоит упомянуть гипотезу, которая пытается связать фамилию с крестильным именем Антон. Якобы Тонька — это уменьшительная форма от Антон, а Тонкуша — уже дальнейшее видоизменение. Однако эта цепочка выглядит натянутой. Фамилии от уменьшительных форм имён обычно сохраняют более узнаваемую основу (Тонькин, Антонов), а переход Тонька → Тонкуша — лишнее звено, которое не подтверждается типологией русских прозвищ. Версия с прилагательным «тонкий» остаётся основной.

Потомки человека с прозвищем Тонкуша со временем стали носить фамилию Тонкушины. Когда именно это произошло, сказать сложно: процесс закрепления фамилий в разных слоях общества растянулся на столетия. Ясно одно — перед нами памятник живой народной речи, где меткое прозвище, данное человеку, пережило его самого и закрепилось за целым родом.