Фамилия Тарапупкин — один из тех случаев, когда внешне забавная форма скрывает либо искажённое диалектное слово, либо прозвище, потерявшее свой первоначальный смысл. В ней сразу бросается в глаза нестандартный суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к матери (сын вдовы, подкидыш) или на происхождение от прозвища, оканчивающегося на -а/-я. Но здесь основа «Тарапупк-» явно производная, с уменьшительным суффиксом -к-, что говорит о том, что фамилия образована от прозвища Тарапупка.

Самая правдоподобная версия связывает основу с диалектным глаголом «тарапупить» — в некоторых южнорусских и украинских говорах так означало «таращить, пучить глаза», «смотреть с удивлением». Человек с глазами навыкате или с привычкой широко раскрывать глаза мог получить прозвище Тарапупка. Суффикс -к- здесь типичен для прозвищ, описывающих внешность или манеру поведения: от него же образованы, например, фамилии Косоглазкин или Пучеглазов, но в случае с Тарапупкиным основа звукоподражательная и более редкая.

Менее вероятна, но не исключена версия от тюркского слова «тарап» (сторона, направление) или от имени Тарас с последующим народным переосмыслением. Однако в русской ономастике фамилия Тарапупкин не фиксируется в дворянских родословных книгах и не встречается в списках старомосковских фамилий — это говорит о её позднем, крестьянском или мещанском происхождении, скорее всего, из среды однодворцев южных губерний, где диалектная лексика была особенно богата.

Географически фамилия редкая, с заметным пятном в бывшей Курской и Воронежской губерниях. Встречается также в украинских вариантах — Тарапупка, Тарапупенко. В дореволюционных переписях носители Тарапупкины записаны как государственные крестьяне, что подтверждает версию о прозвище, а не об имени.

Таким образом, Тарапупкин — это «сын Тарапупки», то есть человека, которого в деревне дразнили за выразительные, выпуклые глаза или за привычку удивлённо таращиться. Фамилия сохранила живую народную речь, где глагол «тарапупить» почти исчез, но оставил след в виде этого редкого и запоминающегося родового имени.