Фамилия Тауфутдинов — редкий случай, когда арабское имя прошло через тюркскую языковую переработку и получило русский фамильный суффикс. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ов указывает на стандартную для русских фамилий модель принадлежности («чей?» — Тауфутдинов). Но основа здесь не славянская, а мусульманская, и это сразу выдаёт этническое происхождение носителей — скорее всего, татары или башкиры.

В основе лежит арабское имя Тауфутдин. Это сложное слово, где первая часть «тауфут» восходит к арабскому корню, связанному с понятием «смерть», «кончина» (тауф — кончина, смерть). Вторая часть — «дин» (вера, религия). В буквальном переводе имя может означать «смерть веры» или «кончина религии», что звучит мрачно, но в мусульманской традиции такие имена нередко давали с особым смыслом — как напоминание о бренности мира и необходимости крепкой веры перед лицом смерти. Встречается также вариант Тауфутдин, где «тауфут» осмысляется как «достаточность», «полнота» — тогда имя трактуется как «полнота веры».

Словообразовательная модель типична для татарских фамилий, русифицированных в XIX–XX веках: к мусульманскому имени добавили русский суффикс принадлежности -ов. Фамилия оформилась, когда у татар и башкир начали фиксировать фамилии по отцу — сын Тауфутдина становился Тауфутдиновым. Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается и у казахов, но реже.

Редкость фамилии в том, что имя Тауфутдин само по себе нечастое — в арабо-мусульманском именослове оно уступает по популярности, скажем, Габдулле или Миннебаю. Поэтому Тауфутдиновых немного, и они, как правило, сохраняют связь с конкретным родом или селом. Ударение в фамилии ставится на третий слог: Тауфутди́нов. Вариант Тауфутди́н — более краткая форма, встречающаяся у самих татар в качестве отчества или прозвища.