Фамилия Тисуненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно указывал на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище стало основой. В данном случае основа — Тисун. Если отбросить суффикс, остаётся корень, который напрямую отсылает к дереву — тис. Это хвойное растение с очень твёрдой древесиной, известное с древности. Прозвище Тисун мог получить человек, занимавшийся обработкой тиса, резчик по дереву, либо тот, кто жил в местности, где росло много этих деревьев. В говорах слово «тис» могло также употребляться как прозвище для упрямого или «крепкого» человека — по аналогии с твёрдостью древесины.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: прозвище Тисун + суффикс -енко. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые чаще встречаются в северных и центральных регионах России, фамилии на -енко — визитная карточка украинской антропонимии, особенно Левобережной Украины (Черниговщина, Полтавщина, Сумщина). Тисуненко — фамилия сравнительно редкая, не входящая в топ-1000 распространённых. Это говорит о том, что прозвище Тисун могло быть локальным, привязанным к конкретному селу или ремесленному кругу.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «тис» или «тыс» в значении «ровный», «гладкий», но она не находит серьёзной поддержки в ономастических словарях. Украинский контекст и типичный суффикс делают «растительную» версию основной. Социальный состав носителей фамилии не позволяет сделать однозначный вывод о сословии предков: -енко встречались и у казаков, и у крестьян, и у мещан. Скорее всего, первый Тисуненко был ремесленником или крестьянином, чьё прозвище закрепилось за его потомками в документах XVII–XVIII веков, когда шло массовое закрепление фамилий в Речи Посполитой и Российской империи.