Фамилия Тофеенко — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной по патронимической модели с помощью украинского суффикса -енко. Этот суффикс означает «сын» или «потомок», так что Тофеенко буквально переводится как «сын Тофея». Вся фамилия построена от личного имени Тофей.

Само имя Тофей — редкое и неканоническое. Скорее всего, это народная, разговорная форма какого-то крестильного имени. Наиболее вероятная основа — греческое имя Евтихий (в переводе «счастливый», «удачливый»). В русской и украинской традиции оно часто сокращалось до форм вроде Тоха, Тоша, а Тофей — один из вариантов такого упрощения. Возможна и связь с именем Иоанн (Иван) через его производные: в некоторых говорах Ивана могли называть Тофаном, а оттуда — Тофей. Менее вероятна, но не исключена версия от имени Митрофан, где остаток «трофан» мог сократиться до Тофей.

Географически фамилия Тофеенко почти наверняка родом из центральной или восточной Украины, где суффикс -енко распространён повсеместно. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: родоначальник, вероятно, был единственным Тофеем в своей округе. Сословно носители такой фамилии — почти всегда крестьяне или казаки, потому что патронимы на -енко в XVII–XVIII веках закреплялись именно за этими слоями населения, а не за дворянством.

Если смотреть на словообразовательную модель, то фамилия Тофеенко стоит в одном ряду с Тимошенко (от Тимоха), Иваненко (от Иван), Федоренко (от Фёдор). Но её редкость и необычная основа выделяют её: Тофеенко — не массовая фамилия, а конкретный след конкретного человека, которого в быту звали Тофей.