Фамилия Тогер — редкая для русского уха, и её происхождение стоит искать не в славянских землях, а в германском или еврейском (ашкеназском) именослове. В подавляющем большинстве случаев она восходит к немецкому слову Toger, которое является вариантом написания (или диалектным произношением) слова Tauger — «тот, кто годится, пригоден». В средневековой Германии так могли прозвать умелого мастера, надёжного работника или просто человека, на которого можно положиться. Фамилия закрепилась в виде прозвища, а затем перешла в наследственное имя.

Другая, менее вероятная, но возможная версия связывает Тогер с топонимом. В Германии и Австрии есть несколько небольших населённых пунктов с похожими названиями (например, Тогерн в Баварии). В таком случае фамилия указывала бы на выходца оттуда: «Тогер» — «тот, кто из Тогерна». Однако эта гипотеза слабее, так как прямых документальных подтверждений массового переселения из конкретных деревень с таким корнем нет.

В России фамилия Тогер встречается крайне редко и, скорее всего, появилась в результате миграции немецких колонистов или еврейских переселенцев в XVIII–XIX веках. Среди немецких поселенцев Поволжья или Причерноморья эта фамилия могла быть записана по звучанию, без привязки к точному немецкому написанию. У еврейских носителей фамилия могла возникнуть как искусственная, «красивая» фамилия, образованная от того же корня со значением «достойный» — такие фамилии нередко давали при переходе к обязательной регистрации в Российской империи.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, которые бы указывали на принадлежность («чей сын»). Это чистая основа, без патронимического оформления, что сразу выдаёт её иноязычное происхождение. По этой же причине у неё нет «двойников» вроде Тогеров или Тогерова — в русском языке она склоняется как существительное мужского рода, но не образует типичных русских фамильных форм.

О сословной принадлежности первых носителей Тогер на территории России сказать почти нечего: фамилия не фигурирует в дворянских родословных книгах и не встречается в массовых крестьянских переписях. Скорее всего, её носили ремесленники, мелкие торговцы или колонисты, осевшие в городах и местечках юга и запада империи.