Фамилия Тогойбаева — женская форма фамилии Тогойбаев. Она тюркского происхождения и образована от мужского личного имени Тогойбай. Основа здесь — «Тогой» (в разных тюркских языках может означать «лес», «роща», «густая заросль» или же быть вариантом имени Токтай, связанного со значением «сытый», «достаток»), а компонент «бай» переводится как «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Тогойбай в целом могло означать «богатый лесом» (образно — владелец лесных угодий) или «сытый, достаточный господин».

Фамилия образована по распространённой в казахской, киргизской и других тюркских ономастических традициях модели: к имени добавляется русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих основ), который в XIX–XX веках использовался при русификации фамилий. Окончание -а указывает на принадлежность женщине (дочери или жене).

Географически фамилия Тогойбаева наиболее вероятна в среде казахов или киргизов. Встречается она редко: по данным открытых источников, носители живут преимущественно в Казахстане (особенно в южных и юго-восточных регионах) и в приграничных районах России. В дореволюционные времена предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а имя Тогойбай давали ребёнку с пожеланием богатства и изобилия — либо в прямом смысле (много скота, земли), либо как символическое пожелание сытой жизни.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия показательна: она сохранила тюркскую основу без переосмысления, а суффикс -ев приставлен уже в русской канцелярской традиции. Это типичный случай для фамилий, зафиксированных в метрических книгах и переписях Российской империи у кочевых народов, переходивших к оседлости.