Фамилия Тохтабакиева — женская форма мужской фамилии Тохтабакиев. Её основа восходит к тюркскому составному имени Тохтабаки, которое бытовало у многих народов Средней Азии и Поволжья. Разберём эту модель по частям.

Первая часть, «Тохта» (или «Тукта»), восходит к тюркскому глаголу со значением «остановись», «стой», «держись». В именах-пожеланиях этот корень выполнял роль оберега: родители давали такое имя, чтобы «остановить» смерть или болезнь, защитить ребёнка. Вторая часть — «баки» — это арабское слово «баки» (باقی), означающее «вечный», «бессмертный». Одно из имён Аллаха в исламе — Аль-Баки (Вечный). Таким образом, имя Тохтабаки можно истолковать как «остановись, вечный» — сложный обережный смысл: пожелание долгой, не прерывающейся жизни или обращение к Всевышнему с просьбой удержать ребёнка в этом мире.

Суффикс «-ев» в фамилии Тохтабакиев — типичный русский патронимический формант, который присоединялся к тюркским именам при русификации. Встречается также вариант Тохтабакиев с ударением на второй слог. Фамилия характерна для татар, башкир, а также для народов Кавказа (кумыков, ногайцев), где подобные имена были распространены.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в Татарстане, Башкортостане, а также среди выходцев из Средней Азии. В отличие от более частых фамилий на «-ов», форма Тохтабакиева с окончанием «-а» указывает на принадлежность женщине, но в бытовом общении часто используется как неизменяемая фамилия мужа.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или ремесленной среды, где тюркские имена сохранялись до XX века. Дворянских корней у этой фамилии нет — она поздняя, возникла в ходе массовой паспортизации в 1920–1930-е годы, когда многие нерусские фамилии получили русское оформление.