Фамилия Токтогонов — яркий пример тюркской антропонимии, русифицированной с помощью патронимического суффикса -ов. Ее основа — составное мужское имя Токтоган, которое до сих пор распространено у киргизов, казахов и некоторых других тюркских народов. Разбираем имя по частям: «токто» — форма глагола со значением «остановись», «стой», «задержись», а «ган» — аффикс причастия прошедшего времени, образующий имя. Таким образом, Токтоган буквально означает «остановившийся», «задержавшийся». Это имя из разряда «охранительных»: в прошлом его давали младенцу, чтобы «остановить» череду смертей в семье или закрепить ребенка в этом мире, — считалось, что такое имя обманет злых духов и убережет от ранней гибели.

Словообразовательная модель простая и типичная для XIX-XX веков: к имени Токтоган добавили русский суффикс принадлежности -ов, получив значение «сын Токтогана» или «из рода Токтогана». Фамилия эта почти наверняка сформировалась на территории современного Кыргызстана или южного Казахстана, где имя Токтоган особенно популярно. В пользу этого говорит и знаменитый носитель — Токтогул Сатылганов, великий акын, в честь которого назван город и целый регион. Хотя сам акын носил фамилию Сатылганов, его личное имя Токтогул — близкий вариант той же основы.

Стоит обратить внимание на вариативность написания. Встречается форма Токтоганов — с одной «н» в корне, что связано с разной передачей звуков при переводе с киргизской кириллицы на русскую. В самой Киргизии фамилия Токтогонов распространена довольно широко, а вот за пределами Средней Азии встречается редко, в основном среди потомков переселенцев советского времени. Социально предки носителей этой фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а сам род — частью крупного племенного объединения, где имя-оберег передавалось из поколения в поколение.