Фамилия Токтогонова — яркий пример фамилии, сформированной по тюркской модели, но адаптированной под русскую грамматику. В её основе лежит мужское личное имя Токтогон, которое до сих пор распространено у киргизов, казахов и алтайцев. Разбираем по частям: «токто» переводится как «останавливайся, стой» (повелительная форма глагола), а «гон» — «кровь». Имя Токтогон в буквальном смысле означало «Останови кровь» — так называли ребёнка, родившегося в семье, где была высокая детская смертность, или же после трудных родов, чтобы «закрепить» его в этом мире. Это имя-оберег, типичное для народов, веривших в магию имени.

Фамилия образована не по стандартной русской модели с суффиксами -ов/-ев, а через прибавление русского фамильного суффикса -ов к основе Токтогон, с последующим женским окончанием -а. В русском языке фамилии на -ов склоняются по падежам, и женская форма Токтогонова указывает на принадлежность к роду человека по фамилии Токтогонов. Мужской вариант, соответственно, Токтогонов.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к регионам, где исторически проживают тюркские народы: в первую очередь это Киргизия, южные области Казахстана, а также Алтай и соседние регионы Сибири. В России фамилия встречается редко и в основном среди потомков переселенцев из Средней Азии или представителей диаспор. Социально фамилия не несёт указания на дворянство или крестьянство — она бытовала в среде скотоводов и земледельцев, где личное имя было главным идентификатором, а фамилия закрепилась относительно поздно, в советское время, при паспортизации.

Однокоренные фамилии — Токтогонов, Токтагулов (где «гул» — раб, слуга), Токтамыш (от исторического имени хана). Но в отличие от них, Токтогонова сохраняет прямую связь с конкретным охранительным именем, что делает её этимологию прозрачной и лишённой споров.