Фамилия Токтоева образована от мужского имени Токтой, а точнее — от его краткой формы Токто. Имя Токтой распространено у многих тюркских народов: у алтайцев, киргизов, тувинцев, хакасов. В основе лежит тюркское слово «токто» — «стой, остановись» или «будь устойчивым, постоянным». Имя-пожелание: родители надеялись, что ребёнок вырастет спокойным, уравновешенным, верным слову.

Фамилия построена по типичной для русского языка модели: к основе Токто прибавили суффикс -ев (вместо -ов после мягкого звука). Окончание -а указывает на женскую форму. В мужском варианте фамилия звучит как Токтоев. Такая модель образования — от имени отца через притяжательный суффикс — характерна для русских фамилий, которые давали детям по имени главы семьи.

География фамилии сосредоточена в основном в Сибири и на Алтае. Много носителей в Республике Алтай, Хакасии, Туве, а также среди алтайской диаспоры в Казахстане. Встречается и у бурят, но реже. Это не случайно: именно в этих регионах имя Токтой было частым, а после перехода на русскую систему фамилий в XIX–XX веках его закрепили как фамильное.

Интересная деталь: в некоторых тюркских языках «токто» имеет ещё одно значение — «толстый, плотный». Поэтому не исключено, что в отдельных случаях прозвище Токто могли дать не по имени, а по внешности — полному, крепкому человеку. Но для фамилии Токтоева это второстепенная версия: основная масса носителей ведёт род от людей, носивших личное имя Токтой.

Встречается и вариант написания Токтоева с двойным «т» — Токтоева, но это орфографическая ошибка, возникшая из-за неверной записи в документах. Правильное написание с одной «т» в корне, так как исходное имя Токтой пишется через одну «т».

Сословно предки Токтоевых в большинстве своём были крестьянами-скотоводами или охотниками. Встречались и зажиточные кочевники, но дворянских родов с такой фамилией нет. После коллективизации и переселения многие Токтоевы осели в посёлках и городах, но фамилия сохранила отчётливую региональную привязку к Южной Сибири.