Фамилия Тохтоева — женская форма фамилии Тохтоев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Тохто. Основа фамилии — тюркский корень «тохто», который в ряде языков (татарском, башкирском, казахском) означает «стой», «остановись» или «удержись». Это типичный пример «охранительного» имени-оберега: в прошлом родители могли назвать ребёнка Тохто (буквально «остановись» или «не расти»), чтобы обмануть злых духов, считавших, что дитя слабое или нежизнеспособное. Имя должно было задержать развитие болезни или смерти, словно приказать им остановиться.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая в регионах Поволжья, Урала и Сибири: к основе Тохто- добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного или шипящего), который указывает на принадлежность — «сын Тохто». Суффикс -ев, а не -ов, появился потому, что основа заканчивается на гласный звук, и по правилам русской адаптации тюркских имён он перешёл в форму Тохтоев. Таким образом, Тохтоева буквально значит «дочь (или жена) Тохтоева», то есть потомок человека по имени Тохто.

Географически фамилия Тохтоева наиболее характерна для бурятского и калмыцкого ареалов, а также встречается у татар и башкир. У бурят, например, имя Тохто (или Тохтоо) исторически зафиксировано как личное, а фамилии на -ев/ов у них формировались под влиянием русской административной системы в XIX веке. В калмыцкой среде возможна параллельная форма Тохтоев, но с тем же значением. Интересно, что в некоторых тюркских языках «тохта» также означает «устойчивый», «твердый», что могло дать прозвище человеку с крепким характером или медлительному, основательному — версия, не противоречащая основной этимологии, но менее распространённая.

В ономастических справочниках фамилия Тохтоев/Тохтоева не относится к числу древних дворянских или боярских родов — это типичная народная фамилия, возникшая в среде крестьян, казаков или кочевников, перешедших к оседлости. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была невысокой, что типично для фамилий, образованных от личных имён-оберегов: такие имена давали в простых семьях, где верили в защитную силу слова.