Фамилия Токтомушева — женская форма фамилии Токтомушев, которая встречается в основном у народов Северного Кавказа и Поволжья. Её основа — тюркское мужское имя Токтомуш (или Токтомыш), что в переводе с киргизского, карачаево-балкарского и других тюркских языков означает «остановившийся», «устоявший», «утвердившийся». В переносном смысле имя давали с пожеланием ребёнку стать стойким, самостоятельным, найти своё место в жизни.

Фамилия образована по русской модели — с суффиксом -ев, который присоединили к тюркской основе. Это типичный случай для народов, вошедших в состав Российской империи: местное имя превращалось в фамилию по русскому образцу, чтобы вписаться в систему паспортного учёта и сословных списков. В данном случае суффикс -ев, а не -ов, потому что основа заканчивается на мягкий согласный или шипящий (Токтомуш → Токтомушев). Окончание -а указывает на принадлежность женщине.

Географически фамилия Токтомушева чаще всего фиксируется в Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии, а также среди киргизов и казахов. В русских метрических книгах и переписях XIX века такие фамилии почти не встречаются — они вошли в обиход позже, в советское время, когда у горских народов начали массово оформлять документы с постоянными фамилиями. Поэтому у Токтомушевых обычно нет дореволюционных дворянских корней; предки были скотоводами, земледельцами или воинами, и фамилия закрепилась за родом уже в XX веке.

В написании возможны варианты: Токтомышева, Токтомушова, но форма Токтомушева — самая распространённая в российских паспортах. Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Токтамышев или Токтоматов, то Токтомушева отличается именно суффиксом -ев, который придаёт ей более «обрусевший» вид. Для носительницы фамилии это означает, что её предки, скорее всего, жили в регионе с сильным русским административным влиянием, где имя Токтомуш превратили в фамилию по канцелярскому шаблону.