Фамилия Токтомушова — женская форма фамилии Токтомушов, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени Токтомуш. Это имя тюркского происхождения, и его основа — глагол «токта» (остановись, стой). В тюркских языках (киргизском, казахском, узбекском, татарском) имена с таким корнем давали детям с пожеланием или по обстоятельствам: «Токтомуш» буквально означает «остановившийся», «устоявший» или «остановись» (в значении «пусть остановится [смерть, беда]»). Это так называемые обережные имена, которые давали, чтобы уберечь ребёнка от злых сил или после смерти предыдущих детей в семье.

Суффикс -ов- в фамилии Токтомушов — это русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?»). Когда тюркские народы вошли в состав Российской империи, их имена и прозвища русифицировались по стандартной модели: к основе имени добавляли -ов или -ев, образуя фамилии. Таким образом, Токтомушов значит «сын Токтомуша» или «потомок Токтомуша». Женская форма Токтомушова — это «дочь/жена Токтомушова».

Фамилия относительно редкая. Её географическое распространение привязано к регионам, где исторически жили тюркские народы, принявшие русскую модель фамилий: Киргизия, Казахстан, Узбекистан, а также тюркоязычные общины в Татарстане, Башкортостане и на Северном Кавказе. В России носители фамилии встречаются в основном в азиатской части страны и в крупных городах, куда переезжали мигранты из Средней Азии.

Интересная деталь: имя Токтомуш не стоит путать с похожим именем Токтамыш (имя хана Золотой Орды). Токтамыш означает «остающийся», «тот, кто остался», а Токтомуш — «остановившийся». Разница в аффиксе: -мыш указывает на результат действия, а -муш — на активное действие или состояние. Впрочем, в разговорной речи и старых записях эти формы могли смешиваться, так что в некоторых документах фамилия может писаться как Токтамышов.

Сословно фамилия не закреплена за каким-то одним слоем: её могли получить и крестьяне, и кочевники, и ремесленники. Единственное, что объединяет всех первых носителей — тюркское происхождение и, скорее всего, мусульманская или доисламская среда, где давали такие имена-обереги.