Фамилия Томера — редкая и неоднозначная, её происхождение можно объяснить как минимум двумя разными путями, и выбор между ними зависит от региона и истории конкретной семьи.

Первый и самый вероятный вариант — географическая фамилия, образованная от названия населённого пункта. В Восточной Европе, особенно на территории современной Польши, Украины и Беларуси, существовали и существуют топонимы вроде Томери (село в Житомирской области) или Томера (деревня в Мазовецком воеводстве). Переселенец из такого места получал прозвище «Томера», которое затем закрепилось за его потомками. В этом случае фамилия отвечает на вопрос «откуда родом?» и относится к типичной для крестьян и мещан модели прозвищ по месту выхода.

Второй, менее распространённый вариант — фамилия могла возникнуть как прозвище от личного имени или профессии. В некоторых говорах «томера» или «томерить» означало «медлить, копаться», «томить». Тогда прозвище Томера давали медлительному, неторопливому человеку. Однако такая версия слабее, так как фамилия не имеет характерных для прозвищ суффиксов (например, -ко, -ец, -ач) и скорее тяготеет к топонимическому типу.

Суффиксальный состав фамилии прост: окончание -а указывает на то, что она застыла в форме прозвища или исходного топонима без дополнительных патронимических суффиксов (-ов, -ин, -ский). Такие «голые» фамилии (без фамильных окончаний) характерны для украинской, польской, белорусской и еврейской ономастики. В русской традиции они встречаются реже и обычно принадлежат выходцам из западных регионов.

Социальный контекст: носители фамилии Томера в Российской империи чаще всего были крестьянами или мещанами, переселившимися из западных губерний. Фамилия недворянская, не имеет отношения к известным аристократическим родам. Встречается она крайне редко — по открытым базам данных, в России насчитывается всего несколько десятков семей с такой фамилией, большинство из них сосредоточено в Центральном и Южном федеральных округах.

Однокоренных фамилий, образованных от того же корня, немного: Томерин, Томеров (более «русифицированные» варианты), а также Томерецкий — от того же топонима, но с другим суффиксом. Все они указывают на общую точку происхождения — конкретное село или местность с корнем «томер-».