Фамилия Томена — редкий случай, когда географический акцент и суффиксальная модель вступают в противоречие. Если смотреть на окончание «-а», то сразу напрашивается украинская или белорусская основа: в этих языках фамилии на -а (Тома, Томеня, Томена) образуются от имени Тома — народной формы крестильного имени Фома. Однако фамилия Томена может быть и русской, но с западнорусским (смоленским, брянским) или малороссийским оттенком. Второй, и более вероятный вариант — это фонетическая запись фамилии Томин, где конечное «-а» появилось из-за особенностей местного говора или при переписи (например, в польских или белорусских метриках фамилии на -а встречаются чаще, чем в великорусских).

Основа «Том-» восходит к тому же корню, что и имя Фома (от арамейского «теома» — близнец). В древнерусском языке звук «ф» часто заменяли на «т» или «хв»: отсюда Тома, Хома. Фамилия Томена — это, скорее всего, матроним (по матери) или отчество от уменьшительного Тома: «чей? — Томин сын», но в форме, застывшей в родительном или именительном падеже с окончанием -а. В украинской традиции фамилии на -а нередко обозначали принадлежность к роду: Томена — «из рода Томы».

Спорный момент: могли ли фамилию дать по прозвищу Томена? В русских говорах слово «томить» означало «изнурять», «мучить», но прозвище Томена в таком значении не зафиксировано. Правдоподобнее версия с именем: фамилия Томена встречается в основном на территории современной Беларуси и в приграничных областях России, где имя Фома (Тома) было распространено среди крестьян и мещан. В дворянских родословных эта фамилия не упоминается — носителями были, скорее всего, люди из податных сословий.

Ещё одна тонкость: в польской ономастике есть фамилия Томена (Tomena), но она может быть искажением от Tomiński или Tomczyk. В любом случае, корень один — библейское имя Фома. Если ваш предок носил фамилию Томена, ищите его корни в западных губерниях Российской империи или в Речи Посполитой — скорее всего, он был православным или униатом, а фамилию записали по отцу или матери в конце XVIII — начале XIX века, когда крестьянам массово давали фамилии.