Фамилия Томме — редкий для России случай, когда фамилия, по сути, не изменилась при переносе из языка-источника. Она не обрастала типичными русскими суффиксами вроде -ов или -ин, а сохранила свою исходную форму. Это сразу указывает на сравнительно позднее происхождение и на то, что носители фамилии, скорее всего, не были крестьянами в центральной России (где фамилии массово «русифицировали» через суффиксы).

Корень фамилии — краткая форма одного из двух распространённых немецких имён. Первый вариант — Томас (Thomas), библейское имя апостола, означающее «близнец». Второй, не менее вероятный, — Том (Tom) как сокращение от имени Томмазо (итальянский вариант Фомы) или просто народная форма имени Томас в Северной Германии и Скандинавии. В немецком языке суффикс -е в фамилиях часто указывает на происхождение от личного имени (например, от отца или деда, которого звали Том). Таким образом, Томме — это «потомок Тома» или «сын Томаса».

География фамилии подсказывает её путь. Томме — фамилия, типичная для немецкоязычных регионов, особенно для Пруссии и Померании. В Российскую империю она попала в XVIII–XIX веках вместе с волнами немецких колонистов, которых приглашали осваивать Поволжье, Новороссию и Прибалтику. Многие немцы-лютеране или католики, переселившись, не меняли написание фамилии, поэтому Томме осталась без суффиксов.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Томме — чисто патронимическая. Её носители в дореволюционной России — это, как правило, потомки немецких колонистов: ремесленники, фермеры, пасторы, аптекари. Встречается фамилия и в среде обрусевших немцев, и в странах Балтии. Из-за редкости и нетипичного окончания фамилию часто путали или записывали на слух как Томмель или Томмес, но истинное произношение — с твёрдым «м» и ударением на первый слог: То́мме.