Фамилия Томский почти всегда указывает на географическое происхождение: так называли человека, который переехал из Томска или его окрестностей в другое место. Прозвище «томский» закреплялось за приезжим, чтобы отличать его от местных жителей, и при переезде в центральную Россию или на Урал превращалось в фамилию.

Сам город Томск ведёт историю с 1604 года, когда на реке Томь поставили русскую крепость, первоначально именовавшуюся Томским острогом. Острог быстро стал торгово-ремесленным центром Сибири, а затем и административным центром обширной области. Поэтому уже в XVII–XVIII веках фамилия Томский встречалась далеко за пределами Сибири — её носили купцы, служилые люди и крестьяне, чьи предки когда-то ушли из этих мест.

Происхождение названия реки Томь, давшей имя городу, вызывает споры. Исследователи XVIII века полагали, что в основе лежит кетское слово «томь» или «том» — «река». Современные ономасты предлагают другие варианты: от кетского «тума» («тёмный, чёрный») или от тюркско-монгольского «том» («большой, главный»). Какая из версий точнее, пока не установлено, но все они сходятся в одном — корень явно не славянский и уходит в языки коренных народов Сибири.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту, как в фамилиях Вятский, Казанский или Енисейский. Такие фамилии обычно носили люди незнатного происхождения, но с чёткой географической привязкой. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые могли возникнуть от личных имён или прозвищ, Томский сразу говорит о том, где жил или откуда родом был первый носитель.

Любопытно, что фамилия Томский не единственная в этой группе. Рядом с ней стоят однокоренные Томин, Томов и Томцев, но у них другое происхождение: они чаще восходят к уменьшительным формам крестильных имён Фома или Артём. Томский же стоит особняком — его связь с городом и рекой не вызывает сомнений.