Фамилия Тонафа — редкий случай, когда прозвище застыло в почти неизменном виде, без типичных русских фамильных суффиксов -ов или -ин. Это сразу указывает на то, что перед нами не стандартная русская фамилия, а скорее всего, поздняя фиксация прозвища, которое так и не успело обрасти дополнительными окончаниями, или фамилия иноязычного происхождения, записанная на слух.

Разбираем основу. «Тонафа» или «Тонаф» — слово не славянское. Самое вероятное объяснение лежит в тюркских языках. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть корень «тун» (шуба, доха, тулуп) и глагольная основа «тун-а-» (укутывать, одевать в шубу). Прозвище Тонафа могло означать «одетый в тулуп», «закутанный» или «тот, кто ходит в тёплой шубе». В русских говорах такое прозвище могли дать медлительному, неповоротливому человеку из-за сходства с человеком в тяжёлой зимней одежде. Вторая версия — от тюркского «тон» (ночь) и «афа» (старший брат, дядя), что дало бы значение «ночной сторож» или «старший в ночную смену», но это менее правдоподобно.

Словообразовательная модель уникальна. Если бы фамилия формировалась в русской среде, мы бы увидели варианты Тонафов, Тонафин или Тонафский. Отсутствие суффикса — признак того, что фамилию записали в документах конца XIX — начала XX века «как есть», с голоса, когда носитель сам назвал себя прозвищем, а писарь не стал его русифицировать. Такое часто встречается у поволжских татар, башкир, чувашей или у русских, долго живших в тюркоязычном окружении (например, в Оренбургской, Астраханской губерниях).

Географически фамилия Тонафа может быть привязана к районам Поволжья, Южного Урала или Западной Сибири, где были сильны тюркские диалекты. Возможно, предок носителя был ямщиком, пастухом или охранником — человеком, чья работа ассоциировалась с тёплой одеждой или ночным временем. Социально это мог быть государственный крестьянин или инородец (так тогда называли нерусское население), получивший фамилию при переписи.

Сегодня фамилия Тонафа остаётся штучной. В базах данных встречаются единичные носители, в основном на Урале и в Татарстане. Это тот случай, когда фамилия — почти готовый исторический документ: она сохранила тюркское слово в той форме, в какой его услышал русский писарь, без позднейшей литературной обработки.