Фамилия Тонаканян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели «имя или прозвище + суффикс -ян». В армянском языке суффикс -ян (в диалектных формах также -янц) указывает на принадлежность к роду или клану, поэтому фамилию часто называют «азганун» — «имя клана». Тонаканян, таким образом, означает «из рода Тонакана» или «потомок Тонакана».

Основа фамилии — редкое армянское имя Танакан. В переводе с армянского оно означает «долгожданный, редкостный; желанный». Скорее всего, так нарекли долгожданного первенца — ребенка, которого родители ждали долго и молили о его появлении. Имя подчеркивало его ценность и уникальность для семьи, и эта эмоциональная окраска закрепилась в родовом прозвании.

Существует и альтернативная версия, выводящая основу из арабского слова «тонак» — «тулуп, шуба». В этом случае прозвище Тонакан могло закрепиться за человеком, который постоянно мерз и потому не расставался с теплой одеждой. Но более логичным выглядит другое прочтение: так могли прозвать мастера по пошиву шуб. Тогда фамилия относится к «профессиональным» именованиям, которые указывают на ремесло предка. В армянской среде, где ремесленные династии ценились высоко, прозвище по занятию легко переходило в фамильное имя.

Менее вероятна версия о происхождении от татарского «танык» — «свидетель». Она опирается на случайное звуковое сходство и не подкреплена ни историческими контактами, ни словообразовательной логикой. Поэтому при разборе фамилии на нее стоит обращать внимание лишь как на курьезную гипотезу.

Различие между версиями связано с огласовкой: армянское имя Танакан и арабское заимствование «тонак» в устной речи звучали близко, и со временем написание закрепилось в форме Тонаканян. Какая из версий верна для конкретной семьи — можно попытаться выяснить по семейным преданиям или записям в метрических книгах, но обе они дают фамилии ясный и достойный смысл: либо долгожданный наследник, либо искусный мастер.