Фамилия Тонилин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, Ильин), основа здесь неочевидна. Самое простое объяснение — от уменьшительной формы имени Антон. В русском языке имя Антон давало целый ряд производных: Тоня, Тонька, а также усечённые и просторечные варианты вроде То́ня, То́нята, То́няха. Фамилия Тонилин могла возникнуть из формы Тони́ла — так в быту могли называть человека по имени Антон. Суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Тонилин, то есть сын или потомок Тонилы.

Есть, однако, и другая, более редкая версия, связанная с диалектной лексикой. В некоторых северных и сибирских говорах «тоня» означала не только уменьшительное от Антон, но и рыбацкий стан, место лова, а также одну тоню — закидку невода. Рыбака или владельца такого участка могли прозвать Тоня, а его сына — Тонилиным. Эта версия менее вероятна, но географически привязана к Поморью и бассейну северных рек, где фамилия встречается до сих пор. Если ваши предки происходят из Архангельской или Вологодской области, стоит проверить именно эту связь.

Интересна и словообразовательная модель. Фамилия оканчивается на -илин, что встречается реже, чем просто -ин или -ов. Такие фамилии часто образовывались от имён на -ила: Михайла — Михайлин, Данила — Данилин. Тонилин — в том же ряду, но от формы Тонила, что подтверждает её народное, нецерковное происхождение. В официальных документах XIX века носители фамилии встречаются в основном среди крестьян и мещан центральных и северных губерний — никаких дворянских ветвей не зафиксировано.

Таким образом, перед нами типичная «патронимическая» фамилия, но с двумя возможными корнями: либо от уменьшительного имени Антон, либо от прозвища по занятию (рыболов). Первая версия универсальна и подходит большинству носителей, вторая — узкая, но добавляет фамилии колорит и привязку к конкретному промыслу.