Фамилия Топтухина — женская форма фамилии Топтухин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Топтуха. В основе лежит глагол «топтать», и ключ к разгадке — в суффиксе -ух(а). В русском языке этот суффикс образует прозвища от глагольных основ, указывая на деятеля, склонного к названному действию: «топтуха» — тот, кто много топчет, ходит, возможно, неуклюже или тяжело ступает. Такие прозвища давали людям по характерной походке: например, тяжеловесному, медлительному человеку, либо тому, кто много ходит пешком. Вторая, менее вероятная версия, отсылает к диалектному слову «топтуха» — в некоторых говорах так называли неуклюжую женщину или даже вид обуви. Но для мужского прозвища Топтуха, от которого пошла фамилия, первое значение — основное.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе прозвища Топтух- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Топтухи). В документах XVI–XVII веков на Руси такие прозвища встречались у крестьян и посадских людей — фамилия не аристократическая, а «народная», из гущи повседневной жизни. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где такой способ словообразования был особенно распространён: в архангельских, вологодских, вятских говорах слово «топтуха» фиксируется в значении «ходок» или «тяжелоступающий».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Топтунов, Топталов, Топтун — то Топтухин стоит особняком благодаря редкому суффиксу -ухин. В отличие от более частого -ун (Топтун, Топтунов), суффикс -ух(а) придаёт прозвищу оттенок бытовой, почти ласкательной грубоватости. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такая модель описана как характерная для прозвищ, описывающих внешность или манеру поведения, а не профессию. Таким образом, предок носительницы фамилии Топтухина, скорее всего, был простым человеком, которого в деревне прозвали за манеру ходить — тяжело, вразвалку или неутомимо.