Фамилия Топыркина образована от личного имени или прозвища Топырка, и у этого имени есть две основные версии происхождения. Первая связывает его с миром растений. Вторая — с характером человека.

Согласно первой версии, в основе лежит мирское имя Топырка, которое восходит к названию растения тапырка (таволга). До крещения Руси называть ребёнка в честь дерева, цветка или травы было обычным делом. Языческое сознание древнего человека не отделяло его от природы: давая младенцу имя растения, родители словно вверяли его покровительству естественных сил. Считалось, что природа примет ребёнка как своего, а вместе с именем к нему перейдут и полезные свойства избранного представителя флоры. Таволга — растение крепкое и живучее, поэтому, скорее всего, родители желали сыну силы и выносливости.

Вторая версия отталкивается от прозвища Топырка, а не от имени. В этом случае слово «топырка» означало противодействие чему-либо, упрямство. Так могли прозвать человека с тяжёлым, несговорчивым нравом, который всегда гнул свою линию. Прозвища такого типа на Руси не несли оскорбительного оттенка — они просто метко фиксировали заметную черту личности, которая затем закреплялась за всем родом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Топыркина — это «дочь или жена Топырки». Такая форма типична для северорусских и восточных регионов, где притяжательные прилагательные с -ин использовались чаще, чем в центральной России. Сам корень слова, с чередованием «а» и «о» в основе (тапырка — топырка), отражает живые диалектные колебания произношения, что типично для народной речи.

Выбрать одну версию сложно: обе правдоподобны. Имя от названия растения выглядит более древним, уходящим в дохристианскую эпоху, тогда как прозвище по характеру могло возникнуть в любой момент. Скорее всего, со временем первоначальный смысл стёрся, и потомки уже не задумывались, что стоит за их фамилией — цветок или упрямство предка.