Фамилия Топыркин образована от личного имени или прозвища Топырка, и у этого имени две основные версии происхождения. Первая ведёт к мирскому имени, которое давали ребёнку до массового распространения христианских имён. В его основе лежит народное название растения тапырка, то есть таволга. Древнерусский человек жил по законам природы и считал себя её частью, поэтому наречение младенца именем растения было обычной традицией: родители надеялись, что природа примет ребёнка как своего и передаст ему лучшие качества. Таволга — кустарник с крепкими, упругими стеблями, а потому, давая имя Топырка, родители, скорее всего, желали сыну силы и выносливости.

Вторая версия связывает имя Топырка с прозвищем, а само слово «топырка» толкуют как противодействие чему-либо. В этом случае прозвище отражало характер: так могли назвать упрямого, несговорчивого человека, который умел стоять на своём и давать отпор. Оба объяснения не противоречат друг другу: прозвище и мирское имя часто совпадали по форме, и лишь контекст мог указать, что имелось в виду.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для северных и центральных русских говоров: суффикс -ин добавляется к основе, оканчивающейся на -а. Топыркин — буквально «сын Топырки», «из рода Топыркиных». Такая форма указывает на древность фамилии: патронимы на -ин закрепились в крестьянской и посадской среде раньше, чем дворянские фамилии на -ов/-ев.

Стоит заметить, что написание через «о» в первом слоге — результат аканья, ведь в живой речи слово звучало как «Тапырка». На письме же закрепился более «книжный» вариант с «о», что не редкость для русских фамилий. Однокоренных фамилий мало, и это делает Топыркиных носителями довольно редкого родового имени, которое сохранило память о растении таволге или об упрямом предке.