Фамилия Топырин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, описывало не внешность или характер, а манеру поведения или движения. В её основе лежит глагол «топырить» — «растопыривать, расставлять в стороны, делать торчащим». Человек, которого прозвали Топыря, мог иметь привычку ходить, широко расставляя руки или ноги, либо отличаться неуклюжей, «растопыренной» походкой. В говорах у слова были и дополнительные оттенки: «топыриться» значило «важничать, чваниться, задирать нос», так что прозвище могло достаться и заносчивому человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Топырин буквально означает «сын Топыри» или «из семьи Топыри». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Поскольку в основе лежит живой глагол, а не церковное имя, фамилия относится к пласту «мирских» прозвищ и могла возникнуть в крестьянской или посадской среде, где прозвища давали по ярким бытовым приметам.

Интересно, что слово «топырь» в некоторых диалектах (например, вологодских) означало «упрямец» или «несговорчивый человек». Если это так, то фамилия могла закрепиться за родом, где предок славился упрямством. Прямых аналогов в официальных ономастических справочниках (вроде словаря Унбегауна) по этой фамилии нет, но однокоренные Топоров, Топорков и Топычканов встречаются — все они образованы от слов с корнем «топ-» (торчать, выпирать).

Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда», что типично для прозвищ, возникших в разных регионах независимо. Встречаются варианты написания Топырев (через -ев), но форма Топырин — основная и более старая, так как суффикс -ин закрепился за основами на -а/-я. Таким образом, носитель фамилии Топырин может с большой вероятностью считать, что его предок был либо человеком с необычной походкой, либо заметным задирой — и то и другое в деревенском быту запоминалось надолго.