Фамилия Тойганбекова — редкий пример, где вместе сошлись тюркская основа и арабский компонент. Она образована от мужского имени Тойганбек, а само имя — сложное. Первая часть, «тойган», восходит к тюркскому глаголу «той-» — «насыщаться, быть сытым» или «радоваться, веселиться». В переносном смысле «тойган» может означать «довольный, радостный». Вторая часть — «бек» (тюрк. «господин, князь, правитель»). Сложение двух корней даёт значение «довольный (радостный) господин» или, по другой версии, «господин, который насытился (жизнью)».

Фамилия женская, с суффиксом -ова, указывающим на принадлежность: Тойганбекова — дочь или жена Тойганбека. Мужской вариант — Тойганбеков.

Географически фамилия встречается в регионах, где исторически жили тюркские народы: в Казахстане, Кыргызстане, среди башкир и татар. В русском контексте она могла появиться в результате межэтнических браков или миграций в советское время. Редкость фамилии говорит о том, что имя Тойганбек не было массово распространённым даже в тюркской среде — его давали скорее в знак особого пожелания ребёнку радости и благополучия.

Словообразовательная модель здесь типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ов/-ев. Примечательно, что в самой основе «Тойган» нет суффикса -ан как показателя причастия (в тюркских языках это аффикс прошедшего времени), что делает имя буквально «насытившийся» или «повеселившийся». Так что предок носительницы фамилии, скорее всего, был человеком, которого родители считали долгожданным и желанным.

В отличие от многих фамилий на -ов, эта не связана с ремеслом или прозвищем — она чисто патронимическая, от личного имени. Никаких иных версий, кроме тюркской, у этой фамилии нет: попытки вывести её из славянских корней лишены оснований.