Фамилия Тришункин — одна из тех, где корень почти стёрся, а суффикс сохранил подсказку. Основа здесь — «Тришунк-», и это не что иное, как уменьшительно-ласкательная форма от имени Триша, которое в свою очередь является народным вариантом церковного имени Трифон. В русском быту греческое имя Трифон (от «трифе» — нежность, роскошь) переделывали в Тришку, Тришу, а от них уже образовывали фамилии. Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Тришункин буквально значит «чей? — Тришункин», то есть сын, внук или человек из семьи Тришуни.

Особенность этой фамилии — редкая словообразовательная цепочка. Обычно от Триши делали Тришин, от Тришки — Тришкин. А вот форма «Тришунка» или «Тришуня» — более ласковая, почти домашняя. Она встречается в северных и центральных говорах, где любили суффикс «-ун(я)» для имён (Ванюня, Петруня). Значит, предок носителя фамилии был, скорее всего, крестьянином или посадским человеком, которого в семье звали не строгим Трифоном, а по-свойски Тришуней.

Географически фамилия редкая. В подмосковных и ярославских писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти Тришку и Тришуньку, но как фамилия Тришункин окончательно закрепилась, вероятно, уже после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилии по прозвищам отцов. В советских метриках и списках избирателей фамилия встречается точечно — в основном в Тверской, Нижегородской и Костромской областях.

Споров вокруг корня почти нет: версия с Трифоном — основная и подтверждается типовой моделью «имя + уменьшительный суффикс + -ин». Других правдоподобных объяснений не существует. Это не от слова «три шкуры» и не от географического названия — в основе лежит простое человеческое имя, которое в быту звучало мягче, чем в святцах.