Фамилия Троегубенко — яркий пример украинской фамильной модели на -енко, которая в XVII–XVIII веках была характерна для казацкой старшины и мещанства Левобережной Украины. Суффикс -енко в буквальном смысле означал «маленький» или «сын», поэтому Троегубенко — это «сын Троегуба» или «потомок того, кого прозвали Троегуб».

Основа фамилии — прозвище Троегуб. Его разгадка лежит на поверхности: слово состоит из двух частей — «трое» и «губ». В русских и украинских говорах «губа» — это не только часть лица, но и гриб (особенно в западных и южных регионах), а также залив или изгиб реки. Однако самая вероятная версия связана с внешностью или характером. «Троегуб» могло означать человека с толстыми, как бы тройными губами, или же того, кто говорил невнятно, «губно», словно у него три губы. В народе такие прозвища давали метко и без обид — по заметной черте.

Менее распространённая, но возможная трактовка — прозвище по ремеслу. Если «губа» — это гриб, то «троегуб» мог быть грибником, который знал три главных съедобных вида. Или же, если вспомнить диалектное «губить» (портить, уничтожать), то прозвище могло достаться человеку, который «троекратно губил» что-то — например, неудачливому хозяину.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в великорусских землях, Троегубенко остаётся типично украинской по форме. Географически она чаще всего встречается в Черниговской, Сумской и Полтавской областях — на территориях бывшего Гетманщины. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться по-разному: Троегубенко, Троегубенков (под влиянием русской канцелярии) или даже Троегуб.

Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, была казацкой или крестьянской. Фамилии на -енко в XVIII веке активно фиксировались у реестровых казаков, а позже перешли и в крестьянскую среду. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано — это однозначно не аристократическая, а народная линия.

Единичные упоминания фамилии встречаются в списках малороссийских полков XVIII века, но без указания конкретных имён и дат — архивные данные по этой фамилии отрывочны. Тем не менее, сам принцип образования прозрачен: перед нами потомок человека, которого в глаза называли Троегуб — за губы, за говор или за неудачливость, но точно за то, что бросалось в глаза.