Фамилия Труфонова — женская форма от Труфонов, и её происхождение напрямую связано с личным именем, которое в русской традиции претерпело неожиданную звуковую трансформацию. В основе лежит каноническое крестильное имя Трифон. В народном произношении, особенно в северных и центральных говорах, сочетание «фи» часто заменялось на более простое «фу» — так Трифон превращался в Труфона. Это не единичный случай: подобным образом из Филиппа получился Фулип, а из Федора — Федул. Соответственно, Труфонов — это «сын Труфона», то есть потомок человека, которого в быту звали не Трифоном, а именно Труфоном.

Модель образования фамилии — стандартная патронимическая, с суффиксом -ов. Она указывает на то, что родовое прозвище закрепилось за детьми или домочадцами не позже XVII — начала XVIII века, когда формирование массовых русских фамилий шло полным ходом. Интересно, что в некоторых регионах, например, в архангельских и вологодских землях, форма «Труфон» могла быть не просто искажением, а самостоятельным диалектным вариантом имени, зафиксированным в переписных книгах.

У фамилии есть и менее вероятная, но любопытная версия, связанная с мирским прозвищем. В старину слово «труфон» изредка употребляли в значении «увалень» или «неповоротливый человек» (от глагола «труфонить» — мешкать, копаться). Однако эта версия слабее, так как прозвищная основа не получила широкого распространения, в отличие от имени Трифон/Труфон, которое носили десятки тысяч людей. Церковь же всегда фиксировала только каноническую форму Трифон, но в быту прижился именно «народный» вариант.

С географической точки зрения фамилия Труфонов (и Труфонова) чаще всего встречается в Вологодской, Кировской и Архангельской областях, а также на Урале. Это зона, где переселялись выходцы из северных губерний, и где диалектные черты сохранялись дольше всего. Потому, если ваши предки носили эту фамилию, с высокой вероятностью они были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, а их родоначальника звали в миру Труфоном, а не Трифоном.