Фамилия Трушечкина образована от просторечной формы канонического имени Трифон — Трушечка. Само имя Трифон пришло из греческого языка и переводится как «нежный» или «живущий в роскоши». В древнерусском языке греческая буква ипсилон (Υ) передавалась двояко — как «и» и как «у», поэтому от одного церковного имени возникли две ветви народных форм: Триша, Тришка и Труша, Трушка, Трушечка. Чередование гласных в корне — не искажение, а след старой книжной традиции.

Мирское имя Трушечка, как и другие уменьшительные формы, не было редкостью в крестьянской и посадской среде XV–XVII веков. Так звали человека не только в детстве: прозвище закреплялось за ним в быту и переходило к детям уже в виде фамилии. Суффикс -к- в основе указывает на ласкательное отношение, а фамильный суффикс -ин принадлежит модели «чей сын»: Трушечкин — сын Трушечки. Такая схема типична для северорусских и центральных областей, где притяжательные фамилии на -ин образовывались от слов, оканчивающихся на -а/-я.

Женская форма Трушечкина — не самостоятельная фамилия, а грамматический вариант мужской Трушечкин. В документах она закрепилась как фамилия женщины или как указание на принадлежность к роду Трушечкиных. До начала XX века в метриках часто писали «крестьянка Трушечкина» или «жена Трушечкина», поэтому носительницы фамилии встречаются в записях не реже мужчин.

Родственными по корню считаются фамилии Трушин, Трушкин, Трушаков, Тришин, Трифонов. Все они восходят к одному имени, но разошлись по диалектным произносительным нормам: где-то прижился вариант с «и», где-то с «у». Фамилия Трушечкина сохранила самую ласкательную форму, что выделяет её среди однокоренных — она буквально закрепила домашнее обращение, с которым к предку обращались близкие.

Точных сведений о первом носителе фамилии нет: архивные данные по Трушечкиным разрозненны и не позволяют назвать конкретную губернию или сословие. Но модель образования и распространённость уменьшительных форм Трифона говорят о том, что предки были людьми простого звания — крестьянами, ремесленниками или мелкими служилыми людьми, у которых мирское имя бытовало наравне с крестильным.