Фамилия Трусиенко ведет начало от прозвища Трусий. В основе лежит древнерусское некалендарное имя или прозвище, которое было широко распространено в XV–XVI веках. Суффикс -енко, характерный для украинской ономастики, указывает на отчество: Трусиенко — буквально «сын Трусия». Такая модель образования фамилий закрепилась в Поднепровье и на Левобережной Украине, где фамилии на -енко стали массово фиксироваться с XVII века.

Прозвище Трусий имеет несколько версий происхождения. По одной из них, оно образовано от глагола «трусить» — «трясти сыпучее, посыпать чем-либо, точить, сыпать», а также «бежать или ехать рысцой». В таком случае прозвище указывало либо на род деятельности основателя фамилии — торговец, токарь, садовод, — либо на его способности, например, умелого и опытного наездника. Другая версия связывает основу с нарицательным «трус» — «землетрясение» или «робкий, боязливый человек». Однако вторая трактовка менее убедительна: в старинных документах прозвища с корнем трус- чаще относились к деятельности или повадкам человека, а не к его характеру.

Историк С. Б. Веселовский в своих исследованиях упоминает Матвея Панфиловича Труса Воробина, жившего в середине XV века, и Еремея Трусюка, который в 1537 году ездил послом в Рим к папе. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных социальных слоях — от служилых людей до дипломатов. Позже прозвище Трусий, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Фамилия Трусиенко встречается преимущественно в южнорусских и украинских областях. В XIX веке носители фамилии числились среди крестьян и мещан Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. Встречаются и однокоренные фамилии: Трусов, Трусин, Трусюк, Трушков — все они восходят к той же основе, но оформлены разными патронимическими суффиксами, что отражает региональные особенности формирования фамилий.