Фамилия Трутненко заметно выделяется на фоне распространённых украинских фамилий на -енко. Если большинство из них образовано от крестильных имён (Иваненко, Петренко) или названий профессий (Коваленко, Шевченко), то Трутненко ведёт происхождение от прозвища, связанного с насекомым.

Основа фамилии — слово «трутень». В прямом смысле так называют самца пчёлы, не собирающего мёд, а в переносном — ленивого человека, живущего за чужой счёт. Прозвище Трутень могли дать либо по поведению (человек, уклоняющийся от работы), либо иронично, «от противного». В украинской ономастике прозвища от названий насекомых не редкость, но именно «трутень» встречается реже, чем, скажем, «Жук» или «Комар».

Формант -енко — типичный патронимический суффикс, указывающий на потомка. Трутненко буквально означает «сын Трутня». Важно, что суффикс не -енко, а -ненко: это говорит о том, что основа прозвища (Трутень) при образовании фамилии утратила беглый гласный «е». Такая модель характерна для Левобережной Украины и Слобожанщины, где фамилии на -енко особенно массовы.

Сословной принадлежности предков по этой фамилии не установить: прозвище Трутень не имело социальной окраски. Его мог получить как казак, так и крестьянин. Единственная тонкость: в документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться как Трутненко, Трутенко или даже Трутнянко — колебания объясняются местными говорами и небрежностью писарей. Современное написание закрепилось поздно, в советских паспортах.

В отличие от фамилий Трутнев (русская, с суффиксом -ев) или Трут (польская, без суффикса), Трутненко однозначно указывает на украинское происхождение и на то, что прозвище было дано именно предку-мужчине, а не по отцу. Если искать дальние параллели, то логический ряд тот же, что у фамилий Жученко или Мурашко — все они образованы от названий мелких существ, но каждое с оттенком насмешки или бытовой наблюдательности.