Фамилия Цапота — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не обросло типовыми суффиксами вроде -ов или -ин. Это так называемая непроизводная, или «голая», фамилия: её основа и есть то слово, которое когда-то стало прозвищем человека. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в Белоруссии, где модель прозвище → фамилия без дополнительного оформления была особенно распространена.

Корень здесь — цап-. В славянских говорах «цапать» значит хватать, хватать резко, иногда украдкой. Отсюда же «цап-царап» и «цапля» (птица, которая хватает добычу). Прозвище Цапота могли дать человеку с цепкими, хваткими руками, либо тому, кто работал быстро и ухватисто — например, кузнецу или портному. В некоторых диалектах «цапота» — это ещё и зацепка, крюк, так что прозвище могло относиться к человеку с характерной походкой, прихрамывающего или задевающего ногой за землю.

Вторая возможная версия — звукоподражательная. «Цап» в славянских языках имитирует звук захлопывания, удара или резкого движения. В этом случае Цапота — человек, которого дразнили за манеру говорить или действовать отрывисто, с резкими, «цапающими» движениями.

Суффикс -ота типичен для украинских и белорусских прозвищ (сравните: Хрипота, Ломота, Шипота). Он придаёт слову оттенок качества или состояния, часто с лёгкой пренебрежительностью. Цапота — не просто «цап», а «цаповатый», тот, в ком это свойство выражено заметно.

Поскольку фамилия не получила дворянского суффикса, её носители в большинстве своём происходили из крестьянской или казацкой среды. Географически Цапота тяготеет к западнорусским землям, особенно к Черниговщине, Полтавщине и Гомельщине, где до сих пор встречаются однофамильцы. В центральной России фамилия почти не фиксируется — это ещё одно подтверждение её регионального южнорусского или украинского происхождения.