Фамилия Цыпота — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою исходную звуковую форму. Она образована напрямую от прозвища Цыпота, а не от имени или названия профессии. Чтобы понять её значение, нужно разобраться с корнем.

В основе лежит глагол «цыпать» или «цыпнуть» — диалектное слово, распространённое в южных и западных русских говорах. Оно означает «царапать», «щипать», «хватать», «дёргать». Прозвище Цыпота могли дать человеку с цепкими, хваткими руками — например, тому, кто быстро и ловко работал пальцами, или, напротив, драчливому, «цапучему» человеку. В некоторых говорах «цыпать» имело значение «семенить», «идти мелкими шагами», так что прозвище могло относиться к походке.

Суффикс -от(а) в этой модели — не уменьшительный, а образующий имя качества или действия. Сравните: зевота, ломота, хрипота. В прозвищах он встречается реже, чем в нарицательных словах, и придаёт оттенок постоянного свойства или склонности. То есть Цыпота — это не «тот, кто однажды цыпнул», а «человек с привычкой цыпать».

Фамилия фиксируется в основном в западнорусских и украинских регионах: в Брянской, Смоленской областях, а также на Черниговщине. Это объясняется ареалом диалекта, где слово «цыпать» было в ходу. Встречаются варианты написания Цыпота и Ципота — второй, вероятно, под влиянием литературного произношения или украинской орфографии.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет типичного патронимического суффикса (-ов, -ин). Это так называемая «прозвищная» фамилия, застывшая в именительном падеже. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в Беларуси, а в России — реже, что делает Цыпоту особенно интересной для этимолога. Других фамилий с тем же корнем, кроме Цыпкин (от «цыпка» — курочка) и Цыпин (от «цыпа» — цыплёнок), практически нет, но их значение совсем иное — они связаны с домашней птицей, а не с действием.

Точных сведений о сословной принадлежности носителей фамилии нет, но в XIX веке она встречается в ревизских сказках среди государственных крестьян и мещан западных губерний. Никаких выдающихся исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — она остаётся фамилией «из народа», без громкой биографии.