Фамилия Ценунин образована от личного именования Ценуня, которое, вероятнее всего, восходит к мужскому имени Зенун — одной из народных форм греческого имени Зенон. В древнегреческой мифологии Зенон — это старинная форма имени верховного бога Зевса, а в ряде источников само имя переводят как «божественный». В христианской традиции известно несколько святых и мучеников с этим именем, что делало его популярным среди верующих и обеспечивало ему долгую жизнь в народном обиходе.

Чередование звуков ц/з в основе фамилии объясняется влиянием белорусского языка и восточнославянских говоров, где подобная замена — не редкость. Так Зенун на русской почве мог превратиться в Ценуня, а уже от этой уменьшительно-ласкательной формы и возникла фамилия Ценунины. По сути, перед нами типичная патронимическая модель: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «Ценунин» буквально означает «сын Ценуни», «ребёнок Ценуни». Такая схема образования фамилий была широко распространена в северных и центральных русских землях, где притяжательные прилагательные с -ин активно вытесняли другие формы.

Само имя Ценуня звучит как ласкательное, домашнее прозвание, которое в крестьянской среде быстро приживалось в обиходе и нередко вытесняло полное церковное имя. Поэтому фамилия Ценунин могла закрепиться за потомками человека, которого в семье и деревне звали именно так — коротко и тепло.

Безусловно, фамилия Ценунин представляет собой памятник славянской культуры, в котором сплелись греческое наследие, церковная традиция и живая народная речь. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Ценунин можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований, которые учитывали бы архивные записи, переписи и метрические книги конкретных регионов.