Фамилия Цибориус представляет собой фонетический вариант фамилии Ципориус, образованной от распространённого еврейского имени Ципора. Слово «ципор», лежащее в основе этого имени, переводится с идиша как «птица». Имя Ципора впервые встречается в Танахе – в одном из священных писаний иудаизма. Давая младенцу такое имя, как Ципора, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена птица. Суффикс -иус чаще всего возникал в среде образованных евреев, учившихся в университете, под влиянием латинского суффикса -ius.