Фамилия Циперштейн — яркий пример ашкеназской фамилии, построенной по модели «основа + -штейн». Суффикс -штейн (от немецкого Stein — «камень») в еврейских фамилиях Восточной Европы выполнял примерно ту же роль, что и русское -ов: он присоединялся к основе, превращая прозвище или место жительства в родовое имя. В данном случае первая часть — Ципер-.

Самая вероятная версия: основа Ципер- восходит к идишскому слову «ципер» (ציפער) — «цифра» или «число». В среде ашкеназских евреев так могли прозвать человека, имевшего дело со счётом: сборщика податей, счетовода, менялу или ростовщика. Фамилия Циперштейн в таком случае означает «камень цифр» или, образно, «человек, твёрдый в счёте», — прозвище, закрепившееся за профессиональным занятием.

Менее распространённая, но допустимая версия: Ципер- — вариант от имени Ципора (Ципа), что на иврите значит «птичка». В таком случае фамилия могла образоваться от женского имени матери (матрилинейная модель, характерная для некоторых еврейских фамилий) или от прозвища, данного за лёгкость, подвижность. Однако профессиональная версия выглядит убедительнее: фамилии на -штейн чаще всего указывают на род занятий или место, а не на личное имя.

Географически фамилия Циперштейн встречается в записях XIX — начала XX века на территориях современных Польши, Украины и Беларуси — в черте оседлости Российской империи. Встречается и вариант написания Циперштайн (с «ай» вместо «ей»), что связано с разными диалектами идиша и особенностями транслитерации в документах. Сословно носители фамилии относились к мещанству: ремесленники, мелкие торговцы, управляющие имениями — люди, чья профессия требовала грамотности и счёта.

Фамилия не имеет отношения к немецкому слову Zipper («молния») — это случайное внешнее сходство. В русском языке ударение обычно падает на второй слог: Циперштéйн.