Фамилия Ципер — редкий случай, когда основа не оставляет сомнений в своём происхождении, но при этом допускает две почти равновероятные версии. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, Ципер лишена суффикса принадлежности. Это так называемая «чистая» фамилия, застывшая форма прозвища или профессионального именования, что характерно для фамилий, возникших в среде еврейского населения Восточной Европы, а также для украинских, белорусских и немецких переселенцев.

Исходное слово — идишское «ципер» (ציפּער) или немецкое «Zipper». На идише «ципер» означает «птица», чаще всего «воробей» или «птаха». Такое прозвище могли дать невысокому, подвижному человеку или обладателю звонкого голоса. Вторая, не менее убедительная версия — профессиональная: в немецком языке «Zipper» — это «застёжка-молния» или «шнурок», а в южногерманских диалектах слово «zippen» означало «шить, стегать». Соответственно, Ципером могли называть портного, скорняка или ремесленника, работавшего с застёжками и шнуровкой.

География фамилии указывает на зону расселения ашкеназских евреев: Циперы встречаются в записях из Галиции (современная Западная Украина), Бессарабии, а также в Польше и Германии. В Российской империи фамилия фиксировалась в черте оседлости, преимущественно в Волынской и Подольской губерниях. После эмиграционных волн конца XIX — начала XX века значительное число носителей оказалось в США, Израиле и Аргентине.

Интересная деталь, отличающая эту фамилию от похожих: в польском языке существует слово «cyper» — «кислый, резкий на вкус», но оно редко становилось основой для прозвища. Вероятнее всего, к фамилии Ципер оно отношения не имеет, поскольку ареал бытования фамилии совпадает с идише- и немецкоязычными общинами, а не с польскими крестьянами.

В русском языке фамилия Ципер склоняется как существительное мужского рода (Ципера, Циперу), но в женском варианте остаётся неизменяемой. Встречаются также варианты написания: Циппер, Ципперт, Ципперман — последний уже включает суффикс -ман («человек»), что делает значение более прозрачным: «человек-птица» или «человек-портной».