Фамилия Цыпер — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось при переходе в фамилию. Она не получила типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а закрепилась в документах в исходной, «голой» форме. Такое оформление характерно для фамилий, которые фиксировали в западных и юго-западных губерниях Российской империи (современные Беларусь, Украина, Молдова), где польская и украинская традиции допускали бессуффиксные фамилии.

Основа — слово «цыпа» или «цыпка». В восточнославянских говорах так называли цыплёнка, а в переносном смысле — маленького, щуплого человека или ребёнка. Форма «Цыпер» возникла, скорее всего, под влиянием идиша или иврита. В еврейской среде суффикс -ер часто указывал на профессию или деятеля: «Цыпер» могло означать «тот, кто держит цыплят» — птицелов, торговец домашней птицей. Либо это вариант фамилии Циппер (от идиш «цип» — птица, птенец), которую давали мелкому, подвижному человеку.

Есть и другая версия, менее вероятная: от немецкого Zieper — так в некоторых диалектах называли упрямого, капризного человека. Но для фамилии Цыпер, бытующей в основном среди еврейского населения бывшей черты оседлости, связь с птицей или прозвищем по внешности выглядит убедительнее.

Сословная принадлежность носителей фамилии в XIX веке — почти исключительно мещане и купцы. Дворян среди Цыперов не было: фамилия не входила в «Бархатную книгу» или родословные сборники. В метрических книгах и ревизских сказках Цыперы встречаются в Кишинёве, Одессе, Бердичеве, а также в Бессарабской губернии.

Однокоренные фамилии — Цыпкин, Цыпленков, Цыпа — образованы от той же основы, но с помощью разных суффиксов. Цыпер выделяется тем, что сохранил прозвищную форму почти без изменений, что делает его особенно ценным для этимолога: в нём слышен живой голос того, кто дал прозвище.