Фамилия Цыцер — редкий случай, когда основа настолько неочевидна, что даже этимологи расходятся в версиях. В русской ономастике нет устоявшегося объяснения, поэтому приходится собирать её по крупицам из смежных языков и диалектов.

Первое, что бросается в глаза: фамилия не имеет типичного русского суффикса -ов, -ин или -ский. Окончание -ер указывает на возможное западное или южнославянское влияние. В польском, чешском и украинском языках слово «цуцер» или «цыцер» могло означать «сахар» (от немецкого Zucker). В таком случае фамилия могла принадлежать потомкам кондитера, торговца сладостями или человека, получившего прозвище за пристрастие к сахару. Вторая версия отсылает к румынскому и молдавскому «цицер» — «горох». Тогда предок мог быть огородником, выращивавшим горох, или просто получить шутливое прозвище по внешнему сходству.

Есть и более редкая гипотеза: связь с глаголом «цыкать» или «цыц» — междометием, которым призывали к тишине. В старых говорах «цыцер» могло означать «молчун», «тихоня» или, наоборот, человека, который часто одёргивал других. Однако эта версия лингвистически слабее: суффикс -ер нехарактерен для русских прозвищ такого типа.

География фамилии подсказывает, что Цыцеры встречаются в западных и южных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Бессарабии, а также среди еврейского населения местечек. В еврейской среде фамилия могла быть искусственной, образованной от идишского «цикер» (сахар) или как вариант фамилии Цукерман. В любом случае, носители Цыцер — люди с нетипичной для центральной России фамилией, чьи корни уходят в многоязычную среду местечек и торговых поселений.